La iglesia fue construida en el siglo IX por decisión del papa Paulo I, sobre un preexistente oratorio. Tras la restauración realizada en el siglo X, recibió la dedicación a la Virgen y el nombre de Santa Maria Nova para distinguirla de la otra iglesia del Foro que estaba también dedicada a María (Santa Maria Antiqua).
En el siglo XII el edificio fue sometido a una importante reestructuración con el añadido de un campanario y la decoración del ábside. En el siglo XV, con el traslado de las reliquias de Santa Francisca Romana a la cripta la iglesia cambió su nombre.
En la iglesia se encuentran el icono de la Virgen Glycophilousa (Virgen de la dulzura): que está datada en el siglo V. La obra fue trasladada desde Santa Maria Antiqua a causa de los derrumbes que sufría aquella.
El lugar donde se encuentra la iglesia, era, según la tradición, la de la muerte de Simón el Mago.
Visto: 871